多肽是用来模拟蛋白的，为了模仿蛋白的表现，我们需要合成与蛋白有相似的结构和电荷的多肽 。当一条肽段从一个蛋白中“切出”之后，两端的电荷数将与基因体蛋白有差异。我们需要改变合成策略来使他们一致。
总体而言：
如果是出自蛋白C端的序列，通过乙酰化将N端屏蔽；
如果是出自蛋白N端的序列，通过酰胺化将C端屏蔽；
如果是出自蛋白中间部分，用乙酰化和酰胺化将两端都屏蔽
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